Hướng dẫn thuế GTGT cho nông sản thủy sản doanh nghiệp phải biết

Khi bắt tay vào hoạt động sản xuất, kinh doanh nông sản hay thủy sản tại Việt Nam, một trong những thắc mắc phổ biến của các doanh nghiệp vừa và nhỏ, hộ kinh doanh cá thể là chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT) áp dụng cho mặt hàng này ra sao. Thuế GTGT đối với nông sản không những thể hiện cam kết của Nhà nước đối với phát triển ngành nông nghiệp, mà còn góp phần tạo nên sự minh bạch trên thương trường. Tuy nhiên, quy định này nhiều lúc lại gây “lúng túng” cho không ít đơn vị khi vừa phải tuân thủ, vừa đảm bảo tối ưu hiệu quả hoạt động. Để tránh những sai sót không đáng có về việc xác định đúng thuế suất áp dụng, bài viết này sẽ giúp bạn đọc làm rõ từng khía cạnh thực tế về thuế GTGT đối với hàng nông, thủy sản từ khâu sản xuất đến thương mại và xuất khẩu.

Căn cứ pháp lý về thuế GTGT đối với nông sản, thủy sản

Thông tư 219/2013/TT-BTC – Áp dụng từ 01/01/2014, hướng dẫn thi hành Luật Thuế GTGT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP.
Thông tư 26/2015/TT-BTC – Sửa đổi, bổ sung Thông tư 219/2013/TT-BTC, hiệu lực 01/01/2015.

Những văn bản này là “kim chỉ nam” cho mọi hoạt động liên quan đến kê khai, xác định thuế GTGT trong lĩnh vực nông – thủy sản. Việc cập nhật thường xuyên là cực kỳ cần thiết để tránh rủi ro, phạt chậm nộp hoặc sai phạm không đáng có.

Nguyên lý xác định thuế suất GTGT hàng nông sản, thủy sản

Về tổng thể, thuế GTGT áp dụng cho hàng hóa ở mọi khâu: từ sản xuất – thương mại – tiêu dùng. Nhưng với nông sản, ở mỗi “khâu” lại có điểm khác biệt về mức thuế suất, thủ tục kê khai và điều kiện không giống nhau. Đó cũng chính là lý do khiến nhiều doanh nghiệp băn khoăn khi xác định chính xác thuế suất cho từng trường hợp.

Nhóm mặt hàng nông sản không chịu thuế GTGT

Dựa vào Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC và Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC, các sản phẩm thu được từ trồng trọt, chăn nuôi, thủy – hải sản tự nuôi trồng hoặc đánh bắt, chưa qua chế biến (hay chỉ sơ chế sạch, bảo quản thông thường) do chính tổ chức, cá nhân tự sản xuất bán ra hoặc khi nhập khẩu đều không phải chịu thuế GTGT.

Chỉ áp dụng ở khâu sản xuất, khâu nhập khẩu.
Nếu sản phẩm chuyển sang khâu thương mại (bán buôn, bán lẻ) sẽ phải kê khai, tính thuế GTGT.

Mẹo nhận biết: Nếu đơn vị của bạn là trực tiếp trồng trọt, chăn nuôi và bán sản phẩm nguyên trạng chưa chế biến, bạn “có quyền” không kê khai, không nộp thuế GTGT cho doanh thu này. Nhưng nếu mua để bán lại, bạn buộc phải rà soát tiếp các quy định bên dưới.

Ví dụ thực tế:

Công ty A trồng 500m² khoai lang thu hoạch, bán nguyên củ hoặc đã rửa sạch/bảo quản mát cho thương lái, sản phẩm này không chịu thuế GTGT.
Ngược lại, nếu Công ty A mua khoai lang từ hộ trồng khác rồi đem bán lại cho siêu thị, sản phẩm lúc này phải chịu thuế GTGT (dù khoai vẫn nguyên vẹn, chưa chế biến thành món ăn khác).

Khi nào nông sản không cần kê khai, tính nộp thuế GTGT hoặc chỉ áp dụng thuế suất 5%?

Theo Điều 5 Thông tư 219/2013/TT-BTC, có ba trường hợp thường gặp:

Doanh nghiệp/hợp tác xã nộp thuế theo phương pháp khấu trừ khi mua sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy hải sản (chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế) và bán tiếp cho doanh nghiệp/hợp tác xã khác (cũng ở khâu thương mại): Không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.
Nếu bán các sản phẩm này cho đối tượng khác (cá nhân, tổ chức, hộ kinh doanh…), phải kê khai và nộp thuế GTGT mức 5%.
Trường hợp hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh, tổ chức nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp: Khi bán hàng nông sản ở khâu thương mại phải kê khai theo tỷ lệ 1% doanh thu.

Chú ý: Sự khác biệt về “phương pháp tính thuế” giữa khấu trừ và trực tiếp vô cùng quan trọng. Rất nhiều đơn vị nhỏ lầm tưởng bán sản phẩm nông sản thì “luôn miễn thuế”, thực tế lại không phải vậy!

Kinh nghiệm chia sẻ: Để giảm thiểu sai sót, hãy xác định thật rõ bạn đang nằm ở nhóm nào sau đây:

Trực tiếp sản xuất rồi bán nguyên dạng? –> Không chịu thuế GTGT.
Thương mại, phân phối lại sản phẩm chưa chế biến? –> Cần xem kỹ đối tượng mua hàng để xác định kê khai, tính thuế hay không, và mức thuế nào (0%, 5%…)

Ví dụ ứng dụng (thực tiễn)

Doanh nghiệp Anpha nộp theo phương pháp khấu trừ, mua hạt điều từ nông dân rồi bán tiếp cho một doanh nghiệp thực phẩm khác. Giao dịch này không phải kê khai, nộp thuế GTGT.
Nếu bán trực tiếp cho người tiêu dùng cuối (không phải doanh nghiệp, hợp tác xã), doanh nghiệp Anpha phải kê khai, nộp thuế với mức 5%.

Mẹo nhỏ: Sử dụng hóa đơn chứng từ “chuẩn mực”, lưu lại toàn bộ nguồn gốc sản phẩm, hợp đồng mua bán và bảng kê chi tiết sẽ giúp chứng minh rõ ràng nguồn hàng, đồng thời thuận lợi khi quyết toán thuế hoặc bị kiểm tra.

Trường hợp nông sản xuất khẩu được áp dụng thuế suất 0%

Không ít doanh nghiệp thắc mắc: Nông sản xuất khẩu ra nước ngoài thì tính thuế GTGT như thế nào?

Với các sản phẩm nông sản xuất khẩu (ra nước ngoài hoặc vào khu phi thuế quan), mức thuế GTGT áp dụng là 0%.
Áp dụng cho cả trường hợp trực tiếp sản xuất để xuất khẩu lẫn trường hợp kinh doanh thương mại mua hàng trong nước đem xuất khẩu.

Đây là chính sách rất “ưu đãi” của Nhà nước, giúp thúc đẩy xuất khẩu nông sản, mở rộng thị trường quốc tế cho doanh nghiệp trong nước.

Ví dụ: Doanh nghiệp B thu mua sầu riêng tại miền Tây, làm thủ tục xuất khẩu sang Trung Quốc hoặc Hàn Quốc. Doanh thu từ xuất khẩu sầu riêng này được kê khai thuế GTGT với mức 0%. Tuy nhiên, điều kiện và thủ tục cần chuẩn hóa hồ sơ xuất khẩu, chứng từ hợp lệ.

Tips ứng dụng:

Hãy chuẩn bị kỹ đủ hợp đồng xuất khẩu, vận đơn, tờ khai hải quan, biên bản giao hàng ở nước ngoài… Điều này không chỉ chứng minh hiệu quả kinh doanh mà còn là “lá chắn” khi quyết toán thuế sau này.

Trường hợp hàng nông sản chịu thuế suất 10%

Nhiều chủ doanh nghiệp bất ngờ khi bị truy thu thuế GTGT ở mức 10% cho sản phẩm nông sản. Nguyên nhân là:

Khi sản phẩm nông sản đã tẩm ướp gia vị hoặc chế biến thành món ăn mới, sản phẩm mới (ví dụ: rang muối, làm snack, sấy khô có phụ gia…), kể cả ở khâu sản xuất hay kinh doanh thương mại, đều phải tính thuế suất 10%.

Ví dụ: Lạc (đậu phộng) rang muối, cá kho, tôm khô tẩm gia vị, trái cây sấy dẻo (có thêm hương liệu hoặc đường…) –> đều thuộc dạng sản phẩm đã qua chế biến, bắt buộc kê khai và nộp thuế GTGT 10%.

Lời khuyên: Hãy xác định rõ ranh giới “sơ chế” với “chế biến thành sản phẩm mới”. Nếu chỉ làm sạch, phơi, bóc vỏ, cắt lát chưa thêm phụ gia vẫn được hưởng chính sách không chịu thuế hoặc thuế thấp.

So sánh nhanh giữa các mức thuế suất GTGT cho hàng nông sản, thủy sản

Loại sản phẩm	Đối tượng chịu thuế	Mức thuế	Ghi chú
Sản phẩm nông, thủy sản chưa qua chế biến (hoặc chỉ sơ chế, làm sạch)	Trực tiếp SX, nhập khẩu	0%	Không chịu thuế GTGT
Thương mại sản phẩm sơ chế giữa doanh nghiệp/hợp tác xã	Doanh nghiệp, HTX	0%	Không phải kê khai/tính thuế
Bán lẻ/thương mại với đối tượng khác	Cá nhân, tổ chức khác	5%	Bắt buộc kê khai/nộp thuế
Xuất khẩu ra nước ngoài, khu phi thuế quan	Doanh nghiệp, HTX, hộ KD cá thể	0%	Cần hồ sơ chứng từ hợp lệ
Sản phẩm đã qua chế biến (có phụ gia/tẩm ướp)	Mọi đối tượng	10%	Sản phẩm mới, món ăn hoàn chỉnh

Các câu hỏi thực tế thường gặp về thuế suất GTGT hàng nông sản

1. Loại nông sản nào không chịu thuế GTGT?

Tất cả sản phẩm trực tiếp từ trồng trọt, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản tự nuôi trồng hoặc đánh bắt, chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ sơ chế, bảo quản cơ bản.
Lưu ý: Chỉ áp dụng ở khâu sản xuất, nhập khẩu! Chuyển sang khâu thương mại phải xét kỹ lại quy định.

2. Khi nào được áp dụng mức thuế GTGT 0% cho nông sản?

Khi xuất khẩu trực tiếp ra nước ngoài hoặc nhập vào khu phi thuế quan.
Phải có đầy đủ thủ tục, hóa đơn, chứng từ hải quan.

3. Trường hợp nào thương mại nông sản không cần kê khai thuế GTGT?

Chỉ khi doanh nghiệp/hợp tác xã mua trực tiếp từ cá nhân/tổ chức sản xuất và bán cho doanh nghiệp/hợp tác xã khác, chưa bán ra ngoài thị trường tiêu dùng; hoặc các giao dịch này đều ở khâu thương mại giữa hai bên cùng áp dụng phương pháp khấu trừ.

4. Nếu doanh nghiệp bán nông sản cho cá nhân hoặc hộ kinh doanh thì sao?

Bắt buộc kê khai, tính nộp thuế GTGT với mức 5% trên doanh thu (theo phương pháp khấu trừ) hoặc 1% trên doanh thu cuối (theo phương pháp trực tiếp).

5. Sản phẩm sơ chế và chế biến khác biệt ra sao khi xác định thuế?

Sơ chế: Làm sạch, bóc vỏ, cắt, phơi khô, bảo quản… vẫn áp dụng ưu đãi ‘không chịu thuế’.
Chế biến: Có thêm gia vị, hương liệu, phụ gia, biến thành món ăn hoặc sản phẩm hoàn chỉnh mới (bánh, snack, đồ hộp…) phải áp dụng mức thuế 10%.

Mỗi quyết định thay đổi quy trình chế biến – dù chỉ là “thêm chút muối, đường, gia vị” – đều có thể ảnh hưởng đến thuế suất GTGT mà doanh nghiệp của bạn phải đối mặt!

Bí quyết quản lý thuế GTGT nông sản dành cho doanh nghiệp vừa và nhỏ

Lưu trữ hóa đơn, chứng từ minh bạch: Đảm bảo mọi giao dịch nông sản đều có hợp đồng, bảng kê, hóa đơn hợp lệ từ khâu mua vào tới bán ra.
Theo dõi sát các văn bản mới về thuế: Những thay đổi về thuế GTGT được ban hành khá thường xuyên, nên chủ động cập nhật thông tin để không bị “tụt hậu”.
Phân loại đúng sản phẩm: Tách biệt rõ sản phẩm chỉ sơ chế với sản phẩm đã chế biến để chọn mức thuế suất hợp lý cho từng giao dịch.
Chủ động hỏi tư vấn chuyên nghiệp: Khi có thắc mắc, hãy trao đổi với chuyên viên kế toán, tư vấn thuế hoặc liên hệ các đơn vị như Kế toán Thuế Online (KTO) để được cập nhật xu hướng và có nâng cao hiệu quả tuân thủ pháp luật tài chính – thuế.

“Hiểu đúng – làm đúng” luôn là nguyên tắc cốt lõi để mọi doanh nghiệp nông sản phát triển bền vững, tránh sai phạm không đáng có và xây dựng uy tín trên thị trường.

Đừng quên, bạn có thể cập nhật những thông tin mới nhất cũng như nhận được tư vấn giá trị từ các chuyên gia của Kế toán Thuế Online (KTO) tại website chính thức của KTO và Facebook KTO. Chủ động tiếp nhận thông tin sẽ giúp doanh nghiệp của bạn tối ưu hóa lợi thế và phòng tránh rủi ro về chính sách thuế.

Một số lưu ý quan trọng khi kê khai, tính thuế GTGT cho nông sản

Kiểm tra kỹ sản phẩm đầu vào: Nguồn gốc, tình trạng (còn nguyên hay đã chế biến, đóng gói), các giấy tờ liên quan đều cần rõ ràng.
Cẩn trọng khi xuất khẩu: Giữ toàn bộ hồ sơ xuất khẩu, xác minh thông tin đối tác nước ngoài. Sẵn sàng cung cấp khi cơ quan thuế kiểm tra đột xuất.
Chọn phương pháp tính thuế phù hợp: Nếu doanh nghiệp phát triển lên quy mô lớn, nên ưu tiên chuyển sang phương pháp khấu trừ sẽ thuận tiện quản lý – kiểm soát hơn.
Cần có quy trình kiểm soát nội bộ về thuế: Định kỳ rà soát, tự kiểm tra trước để giảm thiểu nguy cơ bị xử phạt do sai sót không chủ động phát hiện từ sớm.

Có thể bạn chưa biết? Lỗi thường gặp nhất ở các doanh nghiệp vừa và nhỏ chính là xác định nhầm khâu kinh doanh hoặc nhầm lẫn giữa “sơ chế” và “chế biến” khi áp dụng thuế GTGT cho nông sản. Một sự chú ý nhỏ hôm nay, có thể giúp bạn tiết kiệm rất nhiều chi phí, công sức về sau!

Chia sẻ từ thực tiễn: Tránh những “cái bẫy” thuế GTGT nông sản dễ mắc phải

Đừng coi nhẹ công tác phân loại hàng hóa khi lập hóa đơn. Nên mô tả rõ ràng trên hóa đơn bán hàng: “Ngô tươi nguyên bắp”, “Lạc sấy khô chưa tẩm gia vị”, “Tôm tươi chưa chế biến”…
Đặc biệt cẩn thận với mặt hàng “linh động” dễ chuyển đổi trạng thái, ví dụ: cá phơi khô chỉ là sơ chế nhưng cá rim mặn hoặc cá khô tẩm gia vị là sản phẩm đã chế biến mới. Nhớ xác định đúng khi kê khai thuế!
Chủ động đào tạo/nghiệp vụ kế toán về thuế nông sản cho nhân sự, không để nhầm lẫn – sai sót nhỏ thành rủi ro lớn.

Lời nhắn gửi đến các doanh nghiệp và hộ kinh doanh nông sản

Kinh doanh hàng nông sản và thủy sản, nhất là ở quy mô vừa và nhỏ, chẳng dễ dàng gì khi phải đảm bảo vừa sản xuất tốt, vừa quản trị tài chính hợp lý, lại còn phải “khéo léo” tuân thủ các quy định pháp luật, trong đó có thuế GTGT. Nhưng hãy tin rằng, làm đúng ngay từ đầu – xây dựng nền tảng nghiệp vụ kế toán vững chắc – sẽ mang lại sự an tâm trên hành trình phát triển và mở rộng của doanh nghiệp bạn.

Mỗi thay đổi nhỏ trong chính sách thuế đều ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động kinh doanh. Vì vậy, bạn hãy chủ động nắm bắt thông tin, trao đổi, học hỏi và không ngần ngại hỏi ý kiến chuyên gia khi cần thiết. Đó là cách thiết thực để doanh nghiệp vừa và nhỏ, hộ kinh doanh cá thể phát triển bền vững, góp phần vào sự minh bạch, phát triển lâu dài của nền kinh tế nước nhà.

Nếu còn điều gì chưa rõ, hoặc cần cập nhật tin tức mới nhất về tài chính-kế toán-thuế, hãy thường xuyên theo dõi các kênh thông tin chính thống, cũng như các chuyên trang uy tín chuyên sâu như KTO để doanh nghiệp của bạn luôn “làm đúng, làm chuẩn và làm chủ”.

Nguồn tham khảo

Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn thi hành Luật Thuế GTGT
Thông tư 26/2015/TT-BTC sửa đổi, bổ sung Thông tư 219
Các bài viết chuyên sâu trên Kế toán Thuế Online